Sauer begann seine medizinische Laufbahn an der chirurgischen Universitätsklinik rechts der Isar in München, später an der Universitäts-Frauenklinik Ulm. 2001 startete er dort als Assistenzarzt, 2006 wurde er Oberarzt, ein Jahr später wurde er zum geschäftsführenden Oberarzt ernannt, bevor er 2008 die Position des stellvertretenden ärztlichen Direktors der Klinik übernahm. Im gleichen Jahr wurde er in den Vorstand der Deutschen Gesellschaft für Gynäkologie und Geburtshilfe berufen.

Die Abteilung für Gynäkologie und Geburtshilfe am RBK umfasst 55 Betten und führt jährlich 4.500 Operationen durch, davon sind 800 ambulante Eingriffe.