Neben einigen Koalitionspolitikern und der Opposition kritisieren auch viele Verbände den Fonds. Volkswirtschaftler zielten bei der Erfindung des Instruments auf mehr Wettbewerb zwischen den Kassen ab.

Die Beiträge von Arbeitgebern und -nehmern fließen von 2009 an in einen großen Geldtopf. Den bundesweit einheitlichen Beitragssatz legt der Bund jeweils zum 1. November des Vorjahres fest. Hinzu kommen Steuergelder in Höhe von vier Milliarden Euro im Jahr 2009. Ab 2010 soll sich der Bundeszuschuss um jährlich 1,5 Milliarden Euro bis zu 14 Milliarden Euro erhöhen. Kassen mit vielen kranken oder alten Versicherten erhalten von den anderen Kassen Geld. Stärker bei dem Finanzausgleich berücksichtigt werden teure chronische Krankheiten.

Kritiker bemängeln, Finanzausgleich und Einheitssatz stünden dem Wettbewerb entgegen. Stattdessen sollen Kassen durch innovative Angebote und Rabatte um Mitglieder kämpfen. Kassen sollen zudem einen Zusatzbeitrag von ihren Mitgliedern verlangen können, wenn sie mit dem Geld aus dem Fonds nicht auskommen. Er darf ein Prozent des Einkommens des Mitglieds nicht übersteigen. Bei einem Zusatzbeitrag von bis zu acht Euro wird auf die Einkommensprüfung verzichtet. Die meisten Kassen-Leistungen sind für alle Versicherungen verbindlich festgelegt.