Der CSU-Vorsitzende Erwin Huber und Baden-Württembergs Ministerpräsident Günther Oettinger (CDU) kritisierten Bundesgesundheitsministerin Ulla Schmidt (SPD) wegen ihrer Vorarbeiten für die Einführung des Fonds zum 1. Januar 2009. Sie warfen ihr Verschleppung und mangelnde Transparenz vor. Das Gesundheitsministerium wies die Vorwürfe zurück. Baden-Württemberg und Bayern fürchten, dass aus ihren Kassen viel Geld abfließen könnte. Auf Verlangen Bayerns wurde deswegen eine Obergrenze vereinbart, wonach ein Land zunächst jährlich nicht mehr als 100 Millionen Euro zusätzlich abtreten soll. Ein Expertengutachten hatte diese Vorkehrung als schwer umsetzbar bewertet und gleichzeitig Sachsen als Hauptverlierer benannt.

Huber warf Schmidt Verschleppung vor, weil die Schonung seines Landes vor größeren Abflüssen nicht garantiert sei. “Ob das politisch motiviert ist oder ob das an ihrer chaotischen Arbeitsweise liegt, kann ich nicht sagen”, sagte er dem Berliner “Tagesspiegel am Sonntag”. Oettinger forderte die Ministerin in der “Welt am Sonntag” auf, für Transparenz zu sorgen. Seehofer wies die Bedenken aus seiner Partei zurück, dass Bundesgesundheitsministerin Ulla Schmidt (SPD) die Voraussetzungen für den Gesundheitsfonds nicht bis zum Jahresende erfüllt. Der Fonds sei an bestimmte Voraussetzungen gebunden, sagte er. “Ich bin aber auch da sehr sicher, dass diese Voraussetzungen erfüllt werden von der Bundesregierung, und dass dann auch der Fonds wie beschlossen in Kraft treten wird.” .