Im Jahr 2001 fusionierten das Bergmannsheil Buer und die Kinder- und Jugendklinik Gelsenkirchen. Werner Neugebauer verstand es, die unterschiedlichen Traditionen der beiden Kliniken zu vereinen und ein neues Wir-Gefühl zu erzeugen. Ein tief empfundener christlicher Glaube war sein innerer Kompass, der sein Handeln auch im Beruf bestimmte. Die bestmögliche medizinische Versorgung der Menschen in Gelsenkirchen war sein Anspruch. Unter der Führung von Werner Neugebauer realisierte das Krankenhaus innovative Medizinkonzepte, weitete sein Leistungsspektrum aus und spezialisierte sich in den chirurgischen und internistischen Disziplinen.

Seine Kompetenz machte den Krankenhausmanager zu einem vielgefragten Gesprächspartner in der Gesundheitswirtschaft. Er war gut vernetzt. Ende des Jahres wollte Werner Neugebauer in den Ruhestand gehen.