Die nordrhein-westfälische Krankenhausgesellschaft warf dem Portal methodische Schwächen sowie fehlende Transparenz vor. "Kein Bereich im Gesundheitswesen ist so transparent bei der Qualität wie die Krankenhäuser. Wir sprechen uns klar für einen Qualitätswettbewerb aus und stellen uns den Vergleichsportalen im Internet. Aber dies muss von unabhängiger Seite auf methodisch sauberer Grundlage und mit transparenten und fairen Spielregeln stattfinden", erklärte Matthias Blum, Geschäftsführer der Krankenhausgesellschaft Nordrhein-Westfalen, die Kritik an den von der AOK im Vergleichsportal Krankenhausnavigator verwendeten QSR-Daten (Qualitätssicherung mit Routinedaten).

Der AOK-Bundesverband wies die Kritik zurück. Das Klinik-Vergleichsportal existiert bereits seit 2010. Man greife auf allgemein anerkannte Daten der Qualitätssicherung zurück.