Die Zahl der Universitätsklinika mit Fehlbeträgen bei den Jahresergebnissen nimmt stark zu. Von den 29 Standorten, die sich beteiligten, gaben entsprechend nur noch zehn an, für 2012 ein positives Betriebsergebnis zu erwarten. 12 Unikliniken müssen mit einem negativen Jahresergebnis von über einer Millionen Euro rechnen (41 Prozent). Eines der befragten Unikliniken rechnet sogar mit einem Defizit von 16 Millionen Euro. Weitere 11 Kliniken (38 Prozent) gehen von einem ausgeglichenen Jahresergebnis (+/- 1 Mio. Euro) aus. Bereits im Jahr 2012 verzeichneten 45 Prozent der befragten Klinika Defizite, während nur 24 Prozent mit einem positiven und weitere 31 Prozent mit einem ausgeglichenen Ergebnis rechnen konnten. Für das Jahr 2013 erwarten nur noch 6 Unikliniken ein positives Jahresergebnis von über 1 Millionen Euro. Dagegen konnten noch im Jahr 2011 14 Unikliniken ein solches positives Ergebnis verzeichnen. In Summe betragen die erwarteten Defizite im Jahr 2013 82,4 Millionen Euro. "Damit haben sich die Verluste der defizitären Universitätsklinika seit dem Jahr 2011 mehr als verdoppelt", so der VUD.

Den Grund für die schlechte wirtschaftliche Situation der Hochschulmedizin sieht der VUD in der Krankenhausfinanzierung: "Die Kosten für Personal, teure Medikamente und Energie steigen permanent schneller als die von den Krankenkassen gezahlten Entgelte. Zudem sind die von den Ländern zu zahlenden Investitionszuschüsse für die Krankenhäuser seit Jahren unzureichend und rückläufig. Entsprechend können weder die Krankenhausgebäude und die erforderliche IT-Ausstattung, noch die Forschung an medizinischen Innovationen ausreichend finanziert werden."