Besonders dringend sei der ausreichende Impfschutz bei übertragbaren Erkrankungen wie Masern und Windpocken. Derzeit laufen bereits in allen Erstaufnahmeeinrichtungen und den meisten Außenstellen ehrenamtliche Impfsprechstunden. Angeboten würden die vom Robert-Koch-Institut (RKI) empfohlenen Impfungen etwa gegen Polio, Windpocken oder Diphtherie und außerdem Grippeimpfungen für Risikogruppen. Dazu gehörten Schwangere, chronisch Kranke oder Senioren. Nach Angaben des Gesundheitsministeriums wird das Impfangebot sehr gut angenommen, vor allem wenn muttersprachliche Ärzte beziehungsweise Dolmetscher vor Ort sind. Die Kosten für die Impfungen trägt das Land.

Flüchtlinge in Massenunterkünften sind besonders gefährdet, sich mit übertragbaren Krankheiten anzustecken. Das RKI bietet Aufklärungsinformationen allein zur Influenza-Impfung in 19 verschiedenen Sprachen an. Eine Impfpflicht gibt es nicht.