Jan Rupp absolvierte sein Studium an den Universitäten Gießen und Lübeck und ist seit 1999 am Campus Lübeck tätig. In verschiedenen Funktionen arbeitete der 43-jährige Mediziner im Institut für Medizinische Mikrobiologie und Hygiene. Seit 2009 leitete er die Infektionsambulanz. 2014 übernahm Jan Rupp die Leitung der neu eingerichteten Sektion für Molekulare und Klinische Infektiologie am Campus Lübeck. Im selben Jahr erhielt er einen Ruf auf den Lehrstuhl für Medizinische Mikrobiologie verbunden mit dem Direktorium des Instituts für Infektionskrankheiten an der Universität Bern/Schweiz.

Jan Rupp ist international anerkannter Wissenschaftler auf den Gebieten "Chlamydienbiologie" und "Immunregulatorische Mechanismen von Hypoxie" und hat in den vergangenen Jahren im Deutschen Zentrum für Infektionsforschung (DZIF) die Clinical Trial Unit am Standort Lübeck aufgebaut.