Sein Amt soll er spätestens zum 1. Januar 2014 antreten. Michael Beyer, Chefarzt der Klinik für Herz- und Thoraxchirurgie, bleibt Medizinischer Direktor, bis Schuff-Werner sein Amt antritt.

Schuff-Werner war ab 2001 stellvertretender Ärztlicher Direktor und ist seit 2003 Ärztlicher Vorstand und seit 2006 Vorstandsvorsitzender der Uniklinik Rostock. Von 1999 bis 2003 war Professor Schuff-Werner gewählter Vertreter der Gruppe der berufenen Professoren im Fakultätsrat der Medizinischen Fakultät der Uniklinik.

Der Verwaltungsrat des Klinikums Augsburg hatte Ende 2012 beschlossen, die Leitungsstruktur der Klinik, der einer Uniklinik anzupassen. Hierzu wird ein dreiköpfiger Vorstand installiert, der sich aus einem Finanz- und Strategievorstand als Vorstandsvorsitzendem, einem Ärztlichen Vorstand und einem Pflegevorstand zusammensetzen wird. Vorstandsvorsitzender wird Alexander Schmidtke, der seit 15. Dezember 2009 das Klinikum als Einzelvorstand führt. Die Berufung des Pflegevorstands wird zu einem späteren Zeitpunkt erfolgen. Das Klinikum Augsburg möchte Uniklinik werden.

Am Klinikum Augsburg arbeiten 700 Ärzte sowie rund 2.000 Pflegekräfte und behandeln rund 220.000 Patienten pro Jahr.