Nach Abschluss seines Medizinstudiums an der RWTH-Aachen und der Philipps-Universität in Marburg promovierte Axel Haferkamp 1995, 2001 legte er seine Facharztprüfung für Urologie ab. Von 1998 bis Mitte des Jahre 2000 war er Assistenzarzt in der Klinik für Urologie und Poliklinik der Uniklinik Heidelberg und anschließend bis Ende 2001 an der Klinik und Poliklinik für Urologie und Kinderurologie der Uniklinik Bonn. Direkt im Anschluss daran war er bis Anfang 2010 Leitender Oberarzt und stellvertretender Klinikdirektor der Klinik für Urologie und Poliklinik der Uniklinik Heidelberg. Im April 2010 wurde er Ärztlicher Direktor der Klinik für Urologie des Klinikums der Johann Wolfgang Goethe-Universität in Frankfurt am Main.